Violent et révolté, le jeune James vit en Angleterre avec sa mère, dépressive et délinquante. Lorsque celle-ci décède d'un excès de barbituriques, James est placé dans un orphelinat avant d'être recruté par la très secrète agence de renseignement gouvernementale Cherub. Pour sa première mission, il doit infiltrer une secte de hippies préparant un attentat.
Les agents de Cherub mettent au jour d'étranges liens entre le groupe écoterroriste Sauvez la Terre et une secte apocalyptique aussi puissante que secèrte, les Survivants, dont le quartier général futuriste, baptisé l'Arche, se trouve au coeur de l'outback australien. James et sa jeune soeur Lauren sont envoyés en Australie pour une mission d'infiltration.
2005, James et l'un de ses compagnons, Dave, sont en mission d'infiltration dans un quartier de la banlieue de Londres. Ils doivent infiltrer la famille d'un immigrant russe, Leon Tarasov, afin de recueillir des preuves de ses activités criminelles.
Après huit mois d'attente, Ryan se voir enfin confier sa première mission chez Cherub. Il part en Californie, à la rencontre d'Ethan, un jeune homme passionné d'informatique et d'échecs, dont la grand-mère dirige le plus puissant syndicat du crime du Kirghizistan.
L'équipe dirigée par Amy Collins est toujours installée au Kremlin, le QG du clan Aramov. Amy s'y fait passer pour la petite amie de Josef, nouveau chef de l'organisation, afin de récolter des informations sur les terroristes liés au clan...
Ethan et son ange gardien Ryan vont tenter de pirater l'ordinateur de Leonid afin de faire tomber le clan Aramov. Mais alors qu'Ethan s'envole pour Dubaï, il se fait kidnapper par les hommes de Leonid. Ryan et Ning, une nouvelle agent de Cherub, vont tout faire pour le retrouver sans compromettre leur chance de faire tomber les Aramov.
Ryan Sharman et Fu Ning sont chargés d'infiltrer un gang de trafiquants de drogue à Londres, sous la direction de James Adams, devenu le plus jeune contrôleur de mission de l'organisation Cherub.
Janvier 1941. Revenu de Grande-Bretagne, l'officier Henderson prend conscience du potentiel de son petit groupe d'enfants et d'adolescents pour réussir des opérations d'infiltration. Il entreprend de recruter une nouvelle équipe de jeunes agents.
Printemps 1941. La Grande-Bretagne ne peut compter que sur ses alliés américains pour obtenir armes et vivres. Mais les cargos sont des proies faciles pour les sous-marins nazis, les terribles U-Boot.
Juin 1940. Les armées allemandes déferlent sur la France. À Beauvais, un orphelin de 12 ans, prend la fuite au hasard des routes. À Paris, Paul et Suzie tentent de gagner le Sud avec leur père anglais. Celui-ci est tué lors d'une mitraillade à Tours, laissant les enfants livrés à eux-même. Un point commun relie ces trois enfants : le nom de Charles Henderson.
